使用有机肥的好处很多，它对土壤具有良好的改良作用。长期使用化肥会导致土壤结构破坏，土壤板结，降低土壤肥力。而有机肥富含有机质、微生物和矿物质等多种营养成分，可以改进土壤结构，提高土壤保水保肥能力。此外，有机肥中的微生物可以改进土壤生物，提高土壤肥力，为作物生长提供良好的土壤环境。
其次，有机肥有助于提升作物品质。相较于化肥，有机肥中的营养成分更全、更均衡，可以满足作物生长所需的各种营养元素。因此，使用有机肥种植的作物往往具有更好的口感、更高的营养价值。此外，有机肥还能提高作物的抗逆性，使作物在恶劣环境下也能保持较好的生长状态，从而提高作物的产量和品质。
此外，有机肥有利于环境保护。化肥的过量使用会导致土壤和水源污染，对环境造成严重影响。而有机肥来源于动植物残体，对环境友好。在有机肥的生产和使用过程中，可以减少对环境的污染，保护自然环境。此外，有机肥还能提高土壤碳汇能力，有助于减缓全球气候变化。
